Après quatre saisons à rechercher des réponses, Yugi découvre enfin les secrets de son passé antique !

Grâce à la magie des trois cartes Dieu égyptien, Yugi et ses amis sont soudain transporté 5000 ans dans le temps !

Maintenant, ils doivent combattre la force du mal ultime pour sauver le monde de la dévastation.

Après la conclusion de la finale de Battle City, le chaos éclate une fois de plus !

Les trois cartes dieu égyptien sont volés ! Un nouveau méchant terrifiant surgit ! Et comme si les choses ne pouvaient pas être pire, de vrais monstres commencent à apparaître partout dans le monde, terrorisant ainsi la population! Que sont ces étranges événements reliés, et peuvent-ils être résolus?

Yugi et ses amis veulent en savoir plus... avant que la planète fait face à la destruction totale!

Après avoir vaincu Pegasus et reconquérir l'âme de son grand-père, Yugi et l'esprit du Puzzle du Millenium commencérent à sentir que ce n'était pas la fin de leur voyage et que le destin a quelque chose de plus en réserve pour eux. Ces sentiments sont encore plus alimentés quand un nouvel ennemi apparaît; l'esprit maléfique contrôlant Marek!

Armé d'un autre objet du Millénium, le sceptre du Millénium, Marek est capable de contrôler les esprits de ceux qui l'entourent pour les contrôler et les faire obeïr selon sa volonté. Avec des liens directs à l'Egypte ancienne, Marek complote pour prendre le monde entier par l'acquisition de trois toutes puissantes Cartes de Dieux Egyptien et avec les sept objets du millénuim grâce à l'aide de Chasseurs de l'Ombre.

Salomon Muto, le grand-père de Yugi lui donne un vieux casse-tête égyptien que personne ne peut résoudre, mais quand Yugi à finalement réunit les morceaux du puzzle, sa vie est changée pour toujours.

Le puzzle insuffle Yugi avec un esprit antique, et les deux travaillent ensemble pour former un duelliste plus fort, plus confiant.

Peu de temps après, le créateur mystérieux du jeu de cartes Duel de Monstre, Maximillion Pegasus, enlève le grand-père de Yugi, et Yugi est entraîné dans une compétition de Duel de Monstre que Pegasus à organisé. Maintenant Yugi doit se battre en duel avec plusieurs adversaires dans ce tournoi et battre Pegasus pour sauver son grand-père.