Après avoir vaincu Pegasus et reconquérir l'âme de son grand-père, Yugi et l'esprit du Puzzle du Millenium commencérent à sentir que ce n'était pas la fin de leur voyage et que le destin a quelque chose de plus en réserve pour eux. Ces sentiments sont encore plus alimentés quand un nouvel ennemi apparaît; l'esprit maléfique contrôlant Marek!

Armé d'un autre objet du Millénium, le sceptre du Millénium, Marek est capable de contrôler les esprits de ceux qui l'entourent pour les contrôler et les faire obeïr selon sa volonté. Avec des liens directs à l'Egypte ancienne, Marek complote pour prendre le monde entier par l'acquisition de trois toutes puissantes Cartes de Dieux Egyptien et avec les sept objets du millénuim grâce à l'aide de Chasseurs de l'Ombre.