Alors que Yugi et ses amis sont en train de se reposer, ils sont rejoints par Bakura qui leur propose un duel. Ce qu'ils acceptent immédiatement. Mais un esprit maléfique a pris possession de l'âme de Bakura afin de voler le Puzzle Millenium de Yugi au cours d'un jeu des ombres très dangereux.