Les batailles finales font rage sur la ville qui est à son apogée ultime!
Comme les amis de Yugi succombent un à un à la magie redoutable du Royaume des Ombres, Yugi et ses amis qui restent doivent se rendre à l'arène de duel ultime pour la confrontation du millénium contre l'infâme Marek!
Cependant, dans leur voyage, un enfant mystérieux nommé Noah kidnappe et pièges Yugi et ses amis dans un monde virtuel !
Pour aggraver les choses, Les 5 grands, l'ancien conseil d'administration qui ont essayé de prendre en charge KaibaCorp, travaillent pour Noah ! Dans le passé, Kaiba à déjoué Les 5 grands et les a emprisonné à l'intérieur du cyberespace, mais ils sont maintenant de retour pour se venger en planifiant de voler les corps de nos héros pour s'échapper dans le monde réel!
Qui est ce mystérieux Noé, et pourquoi il sait tant de choses sur le passé de Kaiba?
Yugi peut s'échapper du monde virtuel à temps pour arrêter Marek?